馬偕紀念醫院創始於1880年，是北台灣最古老的西式醫院，100多年來從事醫療傳道，造福無數病患。但近年來醫療生技快速進步，深切體會到沒有基礎研究及教學的支持，臨床服務有其侷限，傳承不易，尤其社會環境丕變，醫療人員服務奉獻的熱情日漸淡薄，有感於此，馬偕紀念社會事業基金會也就是馬偕紀念醫院的董事會遂於1995年開始籌設醫學院，立意以耶穌基督救世服務人群的愛心，效法馬偕博士「寧願燒盡，不願銹壞」之精神，結合馬偕紀念醫院既有之臨床醫療基礎、充沛之研究與教學能力，培育富有尊重生命、關懷弱勢族群之醫療專業人才，並以基督信仰為基礎，提供學生「身、心、靈完整醫治」之全人醫學教育訓練為前提，設校興學。歷經十數年的努力，於2009年3月30日立案申請通過，教育部准予立案並同意於同年開始招生。目前學校有醫學系、護理學系(含碩士班)、聽力暨語言治療學系(含碩士班)、視光學系、生物醫學研究所、長期照護研究所及高齡福祉科技研究所。