本校係由「台灣基督長老教會」屬下機構「台南神學院」捐資「財團法人台灣基督長老教會南神神學院基金會」創辦設立，業於民國106年6月22日經教育部臺教高（三）字第1060083362號函同意准予立案設校。 本校創校宗旨乃以基督教信仰培育具有學術與品德之多樣性人才，前開所列泛指神學、教會音樂、教會社區服務及生命教育相關等專才，以服務教會與社會之多元需求，落實基督信仰服務人間之崇高使命。 本校分別依據臺教高（三）字第1050182277號及臺教高（三）字第1060189494號等函件於106學年度春季班起招收第一屆學生，同年設立「神學研究所」及「基督教研究所」等學術單位，前開兩研究所碩士班各招收1班。