本校為上海聖約翰大學、聖瑪利亞女校在臺校友會與基督教臺灣聖公會於民國54年共同籌辦創立。前兩所為聖公會於百餘年前在大陸設立之學校。本校創辦人為當時聖公會臺灣區主教王長齡。第一任董事長吳舜文博士，第二任王長齡主教，王主教逝世葉公超博士代理，龐德明主教接任，後有辜嚴倬雲博士，賴榮信主教，張員榮主教，第七任姚祖驤董事長接任至今。歷任校長為吳舜文博士、龐德明主教、夏雨人教授、葉基棟博士、張中平博士、楊敦和博士、陳金蓮博士、艾和昌博士、黃宏斌博士、張文宇博士，現任校長唐彥博博士。本校於民國56年奉教育部核准立案為新埔工業專科學校；原擬以「聖約翰大學」名義申請在臺復校，惟當時教育部未開放設立大學，且為配合國家經濟發展及政府教育政策，乃改辦工業專科學校。82年奉准改名為新埔工商專科學校，88年改制為新埔技術學院，92年更名為聖約翰技術學院。94年升格改名為「聖約翰科技大學」。