本校奠基於十九世紀，歷經師範、師專、師院與大學四個階段。西元1899年在臺南市三山國王廟創立「臺南師範學校」，是臺灣教育史上師資培育與教化臺灣庶民的開始，迄今已有百餘年悠久歷史。 西元1904年師範學校體制改變，臺灣總督府敕令停辦，本校弦歌中輟；1918年恢復師範學校體制；1919年，獨立為「臺灣總督府臺南師範學校」；1922年桶盤淺新校舍(樹林街現址)落成啟用，改設5年制普通科，奠定本校成為「學校之師」基礎；1946年臺灣光復，改名為「臺灣省立臺南師範學校」，設3年制普通師範科；1962年改制為5年制師範專科學校；1987年改制為4年制「師範學院」，並設置設初等、語文、社會科、數理及特殊教育學系；1991年改為國立臺南師範學院，增設初等教育研究所、音樂及幼兒教育學系。 本校歷史悠久，過去以培育強調通才教育的國小師資為主，因此特別重視學生之品德教育，且在教育、體育、人文及藝術上承繼豐厚之資源。2004年8月1日轉型為綜合大學後，積極推動各系所轉型發展，先後成立教育、人文、理工、環境與生態及藝術5個學院，並於2016年2月1日成立管理學院。