馬偕紀念醫院創始於1880年，100多年來從事醫療傳道，造福無數病患。有感於醫療生技快速進步，深切體會到沒有基礎研究及教學的支持，臨床服務有其侷限，傳承不易，故馬偕紀念社會事業基金會(即馬偕紀念醫院董事會)遂於1995年開始籌設醫學院，立意以耶穌基督救世服務人群的愛心，效法馬偕博士「寧願燒盡，不願銹壞」之精神，結合馬偕紀念醫院既有之臨床醫療基礎、充沛之研究與教學能力，培育富有尊重生命、關懷弱勢族群之醫療專業人才，並以基督信仰為基礎，提供學生「身、心、靈完整醫治」之全人醫學教育訓練為前提，設校興學。歷經十多年努力，於2009年3月30日通過教育部設校申請並准予立案於同年開始招生。為提升學校競爭力及擴大社會影響力，並達成創校籌設計畫書之願景，本校在董事會的支持下，於2023年11月成立改名推動委員會後展開相關推動作業，於2024年1月起正式向教育部提出申請，教育部於10月函復書面審查意見，並於2025年1月2日至學校進行實地訪視，於3月17日經教育部函知通過此改名案，核定本校自114學年度(114年8月1日起)起正式改名為「馬偕學校財團法人馬偕醫學大學」。